Chapter 5. Interacting with prolog

blast(Seq,DB)
  req: formatdb(DB)
  srun: blastall -p blastx -i SeqF -d DBF {Seq=nuc(SeqF),DB=pepdb(DBF)}
  srun: blastall -p blastn -i SeqF -d DBF {Seq=nuc(SeqF),DB=nucdb(DBF)}
  srun: blastall -p blastp -i SeqF -d DBF {Seq=pep(SeqF),DB=pepdb(DBF)}
  srun: blastall -p tblastn -i SeqF -d DBF {Seq=pep(SeqF),DB=nucdb(DBF)}

formatdb(DB) {
  req: DBF
  run: formatdb -i DBF -p 'T'
  comment: 'index protein database ready for NCBI blast'