blast(Seq,DB) req: formatdb(DB) srun: blastall -p blastx -i SeqF -d DBF {Seq=nuc(SeqF),DB=pepdb(DBF)} srun: blastall -p blastn -i SeqF -d DBF {Seq=nuc(SeqF),DB=nucdb(DBF)} srun: blastall -p blastp -i SeqF -d DBF {Seq=pep(SeqF),DB=pepdb(DBF)} srun: blastall -p tblastn -i SeqF -d DBF {Seq=pep(SeqF),DB=nucdb(DBF)} formatdb(DB) { req: DBF run: formatdb -i DBF -p 'T' comment: 'index protein database ready for NCBI blast'